柯文哲受老師朱樹勳影響，進入外科加護病房，成為台灣重症醫學教育家。他推動台灣器官捐贈移植網路登錄系統和器官勸募網絡系統，接受《康健》雜誌訪問時說：「我還以為將來可以因為這些，得醫療奉獻獎，但沒想到卻因此下台。」
最近讓他聲名大噪的，不是因為外科專業，而是台大醫院爆發誤植愛滋器官疏失。柯文哲是當時的器官移植小組召集人，他毫不修飾的發言，總是引起媒體注目。
「這麼爛的制度是誰設計的？是偶！人是我招考、我訓練、我管理，作業手冊全部是我寫的，我負責呀！」柯文哲是目前為止，唯一被懲處的人，直言不諱、一肩承擔的個性，也讓他儼然成為悲劇英雄。
柯文哲在立法院簡短的報告指出，這個案子是典型的瑞士乳酪理論，每個錯誤就像乳酪的洞，都恰巧沒有堵上，光就穿過去了。「這個洞要擋住，不是用ＳＯＰ（標準作業流程），是人對工作的熱情。」
年輕時的柯文哲曾相信「人定勝天」。他描述自己醫術日益精進，躋身名醫後，看到數據和心電圖，還沒看到病人就脫口說：「急性心肌炎」。但現在，在他的眼中，又重新看到在家庭和社會中牽扯不清的「病人」；而非數字和病理報告中呈現的「病」。
中間經過的心情掙扎，曾經讓他想要出家。七年前他寫過一篇文章〈回家的路太遠〉描繪他功成名就背後的心情：「我的人生太順利了，三十五歲就當上主治兼外科加護病房主任……但我不快樂，連家都不想回。這輩子我從來沒有做過自己想做的事。我念台大醫學系，不是因為想當醫生，是我爸爸幫我填的志願，結婚是我媽媽替我相親，至於要生幾個孩子，我太太做的主。但我問自己想做什麼，卻想不出來……巡一趟病房，三十秒內要決定病人生死，情感就成了奢侈品。現在我對人完全無感，人的心在想什麼，我不知道，不想知道也不用知道……花太多時間在工作上，突然渴望家人的擁抱時，家已經不是個家了……」
柯文哲說自己是很糟糕的爸爸、缺席的爸爸，從頭到尾都缺席。孩子小的時候看到他時，都只有在他睡覺的時候，那時孩子還以為「爸爸」的意思是「睡覺」。
柯文哲一直跟「生死」學習，從人定勝天的驕傲，到敬天愛人的謙卑。這一次的ＨＩＶ誤植事件，他又有什麼人生體悟？
Q：你自己是老師，在台大醫學院教全台灣最聰明的學生。你覺得這群學生最棒的是什麼？最缺少的又是什麼？
A：我最近很想問學生：「你們認為台大醫院是台灣的台大醫院？還是台灣大學的台大醫院？」因為在這裡聚集全台灣最精英的學生，若是受了教育後，每一個都成為「人格者」，那麼放出去全台灣，不管到哪裡，對台灣社會都有好的影響，台灣就會提升。
但是，現在我覺得，台大醫學院雖有台灣最好的學生，但我們教得不好。最慚愧的是，人格教育失敗。我深深感受，國家力量在國民全體。我的理論是「Ａ的Ｎ次方理論」：若是Ａ大於一，Ａ的Ｎ次方答案就會無窮大；但若Ａ小於一，其結果就會趨近於零。這個底數Ａ，就像是一個一個學生。若是每一個學生，願意自己付出給社會的多於自己獲得的一點點，所有人累積起來，就會變成無窮大。但是，若是每一個學生滿腦子想的都是怎麼去多拿一點，就是底數Ａ小於一，最後總和起來趨近於零。
現在學生當然是愈來愈聰明，我不相信什麼一代不如一代。新的一代用更新的工具，學習更多的東西。只是，學校和老師是否能夠在人格教育上，讓他們學習付出多一點，發揚Ａ的Ｎ次方理論？
Q：你說的「人格教育」和「品格教育」有什麼不同？
A：人格教育和品格教育當然不同。大家對於品格教育的期待是不說謊、不偷、孝順……
但是，一個「人格者」是有道德勇氣。看到不合理的事情時，敢說出來。我們要怎麼樣塑造一個環境，讓學生看到不道德的事情，敢自由的講出來，這是台大醫學院現在最需要的教育。
其實，一個柯文哲的存在，是見證這個時代的荒謬。
你想想看，連勝文中了那一槍時，台大醫院一個一百多年的公家醫院發布的新聞稿，卻沒有柯文哲講的話有信用，這是一個國家危機（編按：連勝文槍傷案後，柯文哲接受訪問後說：「我看過傷口，看過電腦斷層，我是深綠，難道你們不相信我嗎？」）。這實在不是我們希望的社會。一個社會裡的英雄太多，是不對的。我們不是要大家做人上人，應該要大家去做人中人。讓多數人都在人群裏，做自己該做的事情。
一個社會的知識當然要進步。但若是只有知識發展，那等於在沙漠中蓋摩天大樓。國家知識的建構，還是需要穩固的基礎，只有拔尖，不是好的。
Q：你以前受的教育裡有比較多人格教育，現在沒有嗎？
A：不，以前的環境也是沒有道德。
但為什麼現在更需要，是因為國家進化。我理想中的國家文明階段論：文明社會發展的第一階段是公園有鴿子。意思是說，社會夠富庶，人民不會缺乏蛋白質，去抓鴿子來吃，所以公園裡會有鴿子。
第二階段是廁所有免費衛生紙。這個台灣也做得到，資源夠平均，大家不會把公共場所裡的衛生紙一捲一捲帶回家。
第三階段進化到博愛座是空的，但是很多人站著。
第四階段是坐火車不需要有人檢查車票，這我們還做不到。若是能做到，那我們也就不會有連勝文槍擊案時的國家信任危機。因為在文明社會裡，我可以不喜歡你，但我不會對你不公不義。
文明社會第五階段的考驗，就是社會面對這次台大醫院發生的ＨＩＶ器官移植錯誤事件的態度。能否以寬容的心看待之，而不是找一隻代罪羔羊，把責任全部推給他，而是去檢討能否改進系統。
一個社會互信容易，互愛互諒很難。這次事情發生，我最痛苦的是，大家一直問：「誰要負責？」「誰要下台？」
文明社會是我們所有人努力的目標。所有教育的理想，是訓練下一代的人建立起文明社會，就是人格教育。有好的人格教育，知識發展也會更好。
我印象最深刻的一件事，是去明尼蘇達大學念書時的一個插曲。那時我三十三歲，室友十九歲，是一個大一新生。寒假宿舍公布，住一天的費用八元，請大家自己登記。我跟室友說：「哇！只要少登記一天，就可以賺八塊。」室友用很奇怪的表情看我：「你怎麼會有這種想法？」
那是一九九四年，我第一次發現，我來自一個落後國家。
Q：七年前，四十五歲的時候，你寫過一篇文章〈回家的路太遠〉，說一輩子沒有做過自己想做的事情……那又如何批評現在的學生沒有熱情？
A：沒錯，我的一生都是被安排。文章也寫了：「問自己想做什麼，卻又想不出來……」那時面對人生有很大的迷惘、很低潮。
但是，從四十五歲到現在，我也有了很多新的人生體會。以前我總覺得自己很了不起，我念書時過目不忘，是你們所有人最憎恨的那種人，每次都第一名，就算大家都不及格，我還是一百分。
我在台大建立的葉克膜團隊，擁有世界級的葉克膜技術。有一次國際外科學會在台北舉辦，葉克膜祖師巴特雷醫師（Dr. Bartlett）參觀台大醫院時，在我的一個病人床前站了一個小時，直說：「Wonderful（太厲害了）！」後來到處跟人說台大葉克膜是世界最強團隊之一。那時我真覺得「人定勝天、科技萬能」。
後來這個病人惡化，沒有可能好轉，反而告訴我：「就不要再有壓力了。」我常常在忙完一整天的事情，晚上十一點多去看他。這麼多年過去，治療過程的欣喜、挫折都忘記了。但唯一還有記憶的是兩人午夜聊天，甚至相對無言，最後這段日子，兩人的互信互諒，再無遺憾。從此，我知道醫生診斷和開刀之外，還有一些事情可以做。
自己也未曾想到，七年前，我會以行政命令宣示：「安寧照顧是外科加護病房的工作重點。」因為我體悟到醫師就是園丁，園丁不可能改變春夏秋冬，只能讓花長得更好看。醫師也不可能改變生老病死，但是可以儘量減少身體或是精神的痛苦。關鍵就是「盡力」而已。
Q：你自己印象最深刻的學習是什麼？
A：「university」（大學）這個英文字，字頭universe是「宇宙、萬有」的意思。我是民國七十五年大學畢業，如果你是台大電機系同一年畢業，那時最厲害的電腦就是 Apple II。若把 Apple II 弄得很熟、很厲害，然後就不學習了，你現在能做什麼工作？就是博物館管理員。這個世界一直變，我在大學醫學院教育學到的專業，現在臨床用的不到一成。早就進入終身學習的時代，最重要的是學會「如何學習」的能力。
Q：年輕時你的夢想是「人定勝天」，現在呢？
A：在一百年前的三月二十九日，那些烈士有的結婚不到一年，就去參加黃花崗之役。數百個中國頂尖的知識分子進攻兩廣總督，對抗十二萬的清軍。他們是用什麼心情出發？為什麼？我後來想通，他們就是存心去死，因為決定用這種死來喚醒中國人。我想人因有夢想偉大。但是黃花崗烈士的悲哀是：他的夢想不是他太太的夢想。
我現在的夢想是順應春夏秋冬、生老病死的循環。醫師雖無法改變生老病死，但能在人生過程中，讓每一個人過得更快樂、更燦爛，如是而已。
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柯語錄
「柯語錄」是柯文哲學生在網路上流傳的柯文哲上課名言。
◎背什麼？
你現在學的臨床治療方法，兩年就舊了，五年就丟垃圾桶了，所以我在美國念書時都在做什麼呢？都在練英文以及釣魚。最笨的人才會去背，?真是「耗呆」（台語）！那些看得懂就好了，背那個做什麼！
◎罕見疾病
以前在學校時都教一些很少見的疾病，連感冒要怎麼看都沒教，每次教授講到說：「今天的case很少見，30年才出現一次，大家一定要認真聽！」講完我就從後門溜出去了。30年才遇到一個病人，那麼遇到時refer（介紹）給同學去看就好了。
◎鬼月開刀
鬼月為什麼不能開刀？這我最近也想出了其中的道理。七月份，是什麼時候？就是新的R1（住院醫師）和新的intern（實習醫師）上來的時候啊，哈哈哈，現在你們知道這都是有道理的了厚～～
◎鴨子教授
動物王國要選出大王。動物們覺得，奔跑、游泳和飛行，是動物最重要的三個技能（就好像台大醫院要升等，要比教學、研究、服務，總分高的就可升等），於是就辦了個比賽，依照奔跑、游泳和飛行三項總分，最高的當動物王國的國王。比賽前呼聲最高的是獅子、鯨魚和老鷹，但結果你們知道誰才是真正的大王嗎？（頓一下）是鴨子。
鴨子每項40分，總分120，獅子、鯨魚和老鷹，都是單項100，兩項0分。台大有很多鴨子教授，哈哈哈。
◎鍛鍊體力
醫學的進步是日新月異的，大家現在讀的藥，以後到了臨床搞不好都沒在用了。有些現在成績很好的同學可能到了臨床後，體力都在這幾年花光了，反而沒有什麼力氣再吸收新的東西。同學們還不如趁現在多鍛鍊自己的體力，到了臨床後再來好好的記東西
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